Aujourd'hui, les personnes qui cherchent à expédier des marchandises (ou à déplacer des personnes) sont susceptibles de réaliser qu'il n'est pas toujours logique de s'en tenir à un seul moyen de transport. Par exemple, une cargaison peut être déchargée d'un navire sur un camion, qui la transfère ensuite dans un dépôt de courrier, d'où elle sera acheminée par train. Le transport intermodal peut être plus efficace et moins cher; dans certains cas, cependant, il présente des inconvénients prononcés en termes de rapidité et de fiabilité.
La vitesse
Bien que le transport intermodal offre l'avantage de coûts relativement bas par rapport à d'autres méthodes, il l'obtient en sacrifiant la vitesse; chaque fois qu'une cargaison est transférée vers un moyen de transport comparativement plus lent, par exemple les trains, qui fonctionnent sur des rails fixes qui peuvent ne pas offrir un itinéraire aussi direct que les routes empruntées par un camion, cela ralentit. Pour fonctionner au maximum de son efficacité, le transport intermodal doit également réduire le temps d'attente dans les dépôts avant l'arrivée d'un nouveau transporteur ou le déchargement du fret.
Manque de fiabilité
En raison de sa dépendance à plus d'un mode de transport en commun, le transport intermodal est également soumis à une fiabilité générale moindre; Au fur et à mesure que la chaîne de différents modes se développe, la possibilité de rupture d'un maillon de la chaîne augmente également. Cela est particulièrement problématique lorsque l’un des modes de transport est le rail; les chemins de fer sont plus susceptibles aux retards occasionnés par le mauvais temps ou les pannes d'équipement. Pour cette raison, en plus des préoccupations liées à la vitesse, les expéditeurs qui ont besoin d’un transport fiable à haute vitesse ont moins tendance à envisager les systèmes intermodaux.
Dommage
Chaque fois que le fret doit être déplacé, les expéditeurs courent le risque de subir des dommages car le fret est transféré d'un mode de transport à un autre. Heureusement, ce danger peut être atténué, mais cela implique généralement le suremballage en ajoutant plus de matériel de protection et de protection que celui qui serait normalement jugé suffisant. Ce poids et ces dépenses supplémentaires neutralisent en partie les avantages du transport intermodal en termes d’efficacité énergétique et de coût.
Coûts d'infrastructure élevés
Le transport intermodal de marchandises souffre également de coûts d’infrastructure relativement élevés. La conteneurisation a permis de réduire les coûts et les difficultés de transport des marchandises en normalisant leur forme. Les expéditeurs peuvent facilement déplacer le même conteneur d'un navire à un train puis à un camion. La manipulation de ces conteneurs nécessite toutefois que les expéditeurs disposent des grues et de l’équipement nécessaires pour manipuler les grands conteneurs; cette infrastructure peut ne pas exister partout, notamment dans les pays en développement.
