Les banques traitent les chèques que les clients déposent chez elles. Le service de traitement des chèques d’une banque efface les chèques. Selon la Banque de la Réserve fédérale de New York, l'utilisation des chèques en papier est remplacée par l'utilisation de méthodes de paiement électroniques, et le nombre de chèques émis aux États-Unis est en baisse depuis le milieu des années 1990. Qu’un chèque soit traité comme un chèque papier ou électroniquement, la fonction de la banque en ce qui concerne le chèque demeure la même.
Même chèques bancaires
Ces chèques, appelés "chèques en ligne", sont déposés et tirés sur le même établissement financier. Ceux-ci représentaient 20% des chèques payés en 2006, selon la Banque de réserve fédérale de New York. Pour effacer les chèques «sur nous», le service de compensation des chèques d'une banque inscrit correctement dans ses livres afin de créditer le compte du déposant et de débiter le compte du payeur.
Chèques interbancaires
Ce sont des chèques qui sont déposés et tirés sur deux banques différentes. Ces types de chèques représentaient 80% des chèques payés en 2006, selon la Banque de réserve fédérale de New York. Pour effacer ces chèques interbancaires, le service de compensation des chèques d’une banque peut présenter les chèques directement à la banque sur laquelle le chèque est tiré ou les envoyer à un correspondant pour encaissement. Il pourrait également échanger les chèques avec un groupe de banques participant à un mécanisme de chambre de compensation. Ou bien, il pourrait envoyer le chèque à une banque de la réserve fédérale pour encaissement.
Traitement électronique
Au cours des dernières années, le nombre de chèques sur papier en cours d’émission a diminué et davantage de paiements électroniques sont utilisés. Avec le traitement électronique, les banques n’ont pas à transporter ni traiter les chèques papier. Sur la base de cette tendance, les banques de la Réserve fédérale réduisent le nombre de lieux où elles traitent les chèques papier. Le mouvement vers le traitement électronique des chèques a gagné en popularité avec la Loi de 2004 sur la compensation des chèques au XXIe siècle. Cette loi introduit le concept de chèque de substitution, qui est une copie papier du recto et du verso d'un chèque qui est l'équivalent juridique du chèque papier original. La loi de 2004 autorisait les banques à traiter les chèques par voie électronique, à condition que si elles étaient en train de compenser un chèque, elles rencontraient un établissement qui exige un chèque sur papier, elles lui fournissaient un chèque de remplacement.