Les conflits éthiques sont une partie inévitable du travail d'infiltration. Les officiers sont souvent tenus de nouer des amitiés et des relations avec des suspects qu'ils vont éventuellement trahir dans la salle d'audience. Le besoin constant de passer d'une personnalité criminelle à la véritable identité de l'agent peut également rompre ou mettre à rude épreuve les relations familiales. Laissés seuls pendant de longues périodes, les agents peuvent se sentir plus enclins à faire des économies en matière d'éthique, en particulier s'ils voient de meilleures perspectives d'emploi.
Relations trahies
Pour les agents d'infiltration, créer des dossiers signifie nouer des relations étroites avec les suspects qu'ils vont éventuellement trahir. L'ancien agent fédéral Billy Queen a été confronté à ces réalités au cours d'une enquête de deux ans sur le gang de motards mongols, a rapporté le "Washington Post" en octobre 2005. Il ne se faisait pas d'illusions sur le penchant des Mongols pour la violence, même s'il en aimait personnellement beaucoup.. Le stress de jongler avec ces émotions conflictuelles a finalement obligé Queen à quitter le Bureau américain de l’alcool, du tabac, des armes à feu et des explosifs, a annoncé le journal.
Risques de corruption
L'un des plus anciens conflits clandestins est de se faire passer pour des criminels sans franchir la ligne. Selon le réseau ABS-CBN en février 2009, le chef de la police nationale philippine, Jesus Verzosa, a déclaré que l'interdiction de l'utilisation de substances illégales était interdite lors d'enquêtes sur des stupéfiants. Un scandale similaire a secoué l'enceinte de South Brooklyn, à New York, où quatre officiers ont été arrêtés et six autres suspendus pour avoir récompensé de la drogue avec des informateurs, a déclaré le "New York Times" en janvier 2008.
Problèmes d'identité
Isolés de leur famille et de leurs amis, les agents d'infiltration ont du mal à équilibrer leur identité réelle et supposée. Le travail de Queen contre les Mongols a forcé la réinstallation de son ex-femme et de ses deux fils, qui n'avaient aucune idée de ce qui se passait, a noté le "Washington Post". Les officiers britanniques ont également été accusés d'avoir échangé des informations sexuelles sur le sexe. Un tribunal a fait état de ces inquiétudes en annulant la condamnation pour meurtre de Colin Stagg, a rapporté "The Guardian" en janvier 2011. Cette décision fait suite à l'information selon laquelle une policière en civil avait établi une relation avec Stagg pour obtenir des aveux.
Intégrité perdue
Malgré ses risques et son stress, le travail d'infiltration reste une proposition attrayante pour les détectives et les policiers en quête d'une carrière à long terme. Le fait d’être sous couverture à New York peut assurer une promotion de détective en 18 mois, au lieu de trois à cinq ans, déclare le "New York Times". De tels processus peuvent également engendrer une mentalité coupante qui peut nuire à la réputation d'une agence. En 2003, par exemple, 30 agents des stupéfiants ont été transférés de Brooklyn South pour avoir prétendument encaissé 30 000 USD en heures supplémentaires du département, a rapporté le "New York Times".
